鄭芝龍對澳門的物資扼制，如同一場精妙的圍城戰，不流血卻致命。然而，他深知，僅僅依靠經濟手段施加壓力是遠遠不夠的。在這片弱肉強食的海域，真正的權威必須建立在無可爭議的武力之上，必須用一場酣暢淋漓的勝利來鑄就和宣告。
他的目光，投向了那個始終不肯臣服、且在荷蘭人暗中支持下不斷挑戰他權威的老對手——盤踞在粵東潮汕一帶、與他分庭抗禮的大海盜集團首領，劉香。
劉香，此人與鄭芝龍背景相似，亦盜亦商，實力雄厚，麾下戰船數百艘，亡命之徒近萬。他控制著廣東東部至福建部分海域的航線，是鄭芝龍實現東南沿海完全霸業的最大絆腳石。
更讓鄭芝龍無法容忍的是，劉香與荷蘭東印度公司（VOC）過往甚密。VOC一直奉行“以華制華”的策略，試圖扶植劉香來制衡、甚至取代鄭芝龍，從而獲得更優惠的貿易條件和更直接的商品來源。劉香也從荷蘭人那里獲得了不少火炮和技術支持，氣焰日益囂張。
雙方之間的摩擦和小規模沖突持續了多年，互有勝負。但如今，鄭芝龍羽翼已豐，決意要徹底拔掉這顆釘子，既是為了肅清后方，更是殺雞儆猴，做給澳門、荷蘭以及所有暗中窺伺的勢力看。
1635年（明崇禎八年）春，鄭芝龍認為時機已經成熟。他通過各種渠道放出風聲，將親率大軍南下巡海，“剿撫不安分之輩”。此舉既是宣戰，也是試探。
消息傳出，各方反應不一。
在熱蘭遮城，總督范·迪門陷入了兩難。他深知劉香集團對VOC的價值，是牽制鄭芝龍的重要棋子。但直接出兵援助劉香，意味著與鄭芝龍全面開戰，這違背了他目前試圖與鄭氏建立“新型關系”的試探性策略，風險極高。
經過激烈辯論，VOC臺灣議會最終決定：暫不直接介入，但默許并支持部分荷蘭顧問和志愿者以“個人身份”攜帶少量武器加入劉香艦隊，并提供盡可能的情報支持。這是一種典型的、風險可控的“代理人戰爭”模式。
在澳門，安東尼奧總督則心驚膽戰。他既害怕鄭芝龍大獲全勝后勢力更盛，對澳門的控制將更加嚴密；又隱隱期待劉香能給予鄭芝龍重創，或許能緩解自身壓力。他下令澳門進入戒備狀態，嚴守中立，同時祈禱這場風暴不要波及自身。
劉香得知鄭芝龍大軍前來，自恃有荷蘭人暗中支持，且熟悉本地水文，決定迎戰。他集結了麾下幾乎所有精銳戰船，聯合了其他幾股較小的海盜勢力，并得到了幾十名荷蘭雇傭兵和數門較新的火炮支援，艦隊規模空前龐大，舳艫相接，帆檣蔽日，屯駐于閩粵交界處的金門、廈門一帶海域，擺開了決一死戰的架勢。
鄭芝龍對此毫不意外。他親自坐鎮旗艦——一艘巨大無比、裝備超過三十門重型火炮的仿西式三桅炮艦（被稱為“龍艦”），麾下戰船分為數隊，各有分工：其弟鄭芝虎率領快速突擊船隊；另一員猛將楊耿、陳輝等各領一軍；甚至還有一支由歸附的原荷蘭水手操炮的“西洋炮隊”。鄭氏艦隊不僅數量上可能與劉香聯軍不相上下，更重要的是其組織紀律、戰術協同以及火力配置，經過多年整合和模仿西方，已遠非普通海盜烏合之眾可比。
大戰在金門以南海域爆發。
初始階段，劉香聯軍憑借數量優勢和荷蘭顧問指導的炮術，一度與鄭氏艦隊打得難解難分。炮聲震天，硝煙彌漫，火箭如蝗蟲般在船艦間飛舞。雙方戰船不斷靠近，接舷戰在多個接觸點同時展開，刀光劍影，殺聲震野，鮮血染紅了海面。
鄭芝龍站在“龍艦”高大的艉樓上，冷靜地觀察著戰局。他并未急于投入全部預備隊，而是像一位經驗豐富的獵手，尋找著對手的破綻。
很快，機會出現了。劉香聯軍雖然聲勢浩大，但各部之間協調不暢，號令不一。幾股海盜頭子各懷鬼胎，保存實力，導致陣型出現脫節。而那群荷蘭雇傭兵所在的幾艘核心戰船，雖然火力兇猛，但也顯得有些孤立突出。
鄭芝龍果斷下令：“命令芝虎，率快船隊穿插敵陣右翼，分割其與主力的聯系！”
“西洋炮隊，集中火力，轟擊那幾艘掛有異樣旗幟（指有荷蘭人的）的敵艦！”
“楊耿部向左翼施壓，牽制敵人主力！”
命令被旗語和號鼓迅速傳達。鄭芝虎率領的數十艘靈活的快船如同利刃，猛地切入劉香聯軍陣中，頓時引起一片混亂。而鄭氏“西洋炮隊”的集中轟擊極其精準，猛烈打擊了劉香艦隊的指揮核心和那幾艘有荷蘭人助戰的戰船。
劉香聯軍開始陷入混亂。部分船只見勢不妙，試圖轉向逃跑，反而沖撞了自家陣型。鄭芝龍看準時機，下令全軍總攻。
“龍艦”一馬當先，巨大的船身如同海上堡壘，側舷火炮一次齊射就將對一艘敵艦打得千瘡百孔。鄭氏水兵士氣大振，奮勇爭先。
戰斗變成了一邊倒的追殺。劉香主力潰敗，船只紛紛被焚毀、擊沉或俘獲。劉香本人率少數親信座船拼死突圍，但鄭芝虎緊追不舍。經過一番慘烈的接舷戰，劉香的座艦被團團圍住。據說，劉香見大勢已去，不愿被俘受辱，最終點燃火藥庫，自焚而亡（亦有戰死或被俘后處決的說法，說法不一）。
金門一戰，鄭芝龍艦隊大獲全勝。劉香主力幾乎被全殲，其海盜集團就此土崩瓦解。少數殘部星散逃亡。那些荷蘭雇傭兵，多數戰死，少數被俘。
鄭芝龍下令打掃戰場，將俘獲的船只、人員、武器納入自家麾下。對于被俘的荷蘭人，他并未苛刻對待，反而給予相對不錯的待遇——他深知這些掌握先進技術的水手和炮手的價值，試圖招降他們，為己所用。
勝利的消息以最快的速度傳遍東南沿海，并迅速震蕩了整個遠東海域。
在熱蘭遮城，范·迪門總督接到慘敗的戰報后，沉默了許久。他損失的不僅僅是幾十名雇傭兵和幾門炮，更重要的是，他苦心扶植用來制衡鄭芝龍的代理人，被徹底摧毀了。
“一場徹底的災難……”
他喃喃道，“鄭芝龍的力量，遠超我們的預估。他的艦隊組織、戰術指揮，已經不再是簡單的海盜了。”
他不得不緊急調整策略，命令所有VOC船只近期盡量避免與鄭氏艦隊發生沖突，并重新評估與鄭芝龍談判的籌碼和方式。武力對抗的選項，被大大降低了優先級。
在澳門，安東尼奧總督聽到劉香覆滅、鄭芝龍大獲全勝的消息時，手中的酒杯差點掉落在地。他感到一陣刺骨的寒意。鄭芝龍用一場干凈利落的殲滅戰，向所有人展示了什么是順我者昌，逆我者亡。
“上帝啊……他的力量已經強大到這種地步了嗎？”安東尼奧對議事會成員們說，聲音帶著一絲顫抖，“劉香有荷蘭人暗中支持，尚且落得如此下場……我們……”他沒有說下去，但所有人都明白他的意思。
澳門之前那點試圖周旋、甚至暗中期盼鄭芝龍受挫的小心思，此刻顯得無比可笑和危險。向鄭芝龍低頭、滿足其要求，不再是一個可選項，而是生存的唯一途徑。他們派往安海的使者，必須帶上更謙卑的態度和更豐厚的禮物。
而在福建安海，凱旋的鄭芝龍受到了英雄般的歡迎。他的威望達到了前所未有的頂點。不僅徹底肅清了近海的最大對手，壟斷了東南沿海的所有貿易航線，更重要的是，他向所有勢力——無論是國內的競爭對手、還是虎視眈眈的西方列強——發出了一個清晰無比的信號：在這片海域，我鄭芝龍，才是真正的規則制定者。
他并沒有被勝利沖昏頭腦。他厚葬了陣亡的對手劉香（以示強者風度），優待荷蘭俘虜（展示胸襟并試圖獲取技術），重賞有功將士。同時，他加強了對沿海各港口的控制，進一步完善了他的“牌餉”制度（向過往商船發放令旗并收取保護費），其海上帝國的架構愈發清晰和穩固。
金門海戰，不僅僅是鄭氏集團內部的一次權力洗牌，更是東亞海上力量對比的一個決定性轉折點。它標志著，一支本土生成的、融合了東西方技術和戰術的、擁有強大組織能力和商業頭腦的龐大海上力量，已經徹底崛起，成為了主導南海局勢的最關鍵變量。
西方列強們——葡萄牙、西班牙、荷蘭、乃至剛剛碰壁的英國——不得不痛苦地接受一個現實：他們未來在遠東的任何行動，都必須首先考慮那個坐在安海大宅里、掌控著千帆萬船的中國人的態度。
龍已抬頭，其威震于四海。接下來的爭霸游戲，必須在一個全新的、由鄭芝龍參與制定甚至主導的規則下進行了。