巴喬國、達沃國聯軍來到伯利茲城后，城內的海盜、英國人拒絕投降，聯軍就使用了鐵血軍提供的“燃燒彈”，焚毀了伯利茲城，城內的海盜、英國人全部被殺。隨后，聯軍士兵又殺向了西南約110公里的埃爾卡約鎮（El Cayo）。
尤卡坦半島的絕大部分瑪雅人被征服后，只剩下了居住于叢林深處的佩滕伊察湖（Lago Peten Itza）地區（也稱佩滕低地）的伊察人不愿投降。西班牙人為了圍困伊察人，嘉靖三十六年（1557年），西班牙殖民者胡安·德·薩利納斯·洛約拉（Juan de Salinas Loyola）就在叢林的東部邊緣建造了埃爾卡約鎮（El Cayo），隨后西班牙傳教士圣伊格納西奧·德·洛約拉（San Ignacio de Loyola）來到了埃爾卡約鎮傳教（注：歷史上，西班牙人于1646年為了紀念圣伊格納西奧德洛約拉，將“埃爾卡約鎮”改名為“圣伊格納西奧鎮（San Ignacio）”）。
西班牙人為了圍困伊察人，在佩滕低地的東部還設立了很多哨所，如埃斯佩蘭薩（Esperanza）、查帕亞爾（Chapayal）、埃爾納蘭霍（El Naranjo）、多洛雷斯（Dolores）等。
郭驍勇率巴喬國、達沃國聯軍占領了埃爾卡約鎮后，一邊派使者楊金財趕往西部約60公里的佩滕伊察湖，一邊令聯軍士兵繼續南下，清理西班牙人造佩滕低地東部設立的軍事哨所。
巴喬國、達沃國聯軍在清理塔巴斯科地區的西班牙人勢力時，蘇祿國、馬京達瑙國的聯軍在大隊長賴巴科、巴貢揚的率領下正在特萬特佩克高原（也稱恰帕斯高原）清理西班牙人的勢力。德爾納特國、蒲端國、桑吉爾國聯軍也開始進入恰帕斯南部的沿海地區清理西班牙人的勢力。
西班牙人是于嘉靖三年（1524年）進入恰帕斯地區的，他們進入特萬特佩克高原后，遭到了瑪雅人的激烈抵抗，與查姆拉部落（Chamula）還發生了激烈戰斗。西班牙人征服了查姆拉部落后，傳教士巴托洛梅·德·拉斯卡薩斯（Bartolome de Las Casas）就來到了特萬特佩克高原傳教，強制查姆拉部落改宗“天0主0教”。嘉靖十八年（1539年），西班牙在巴托洛梅·德·拉斯卡薩斯建造的教堂附近建造了城市。為紀念巴托洛梅·德·拉斯卡薩斯傳教士，西班牙人將建造的命名為“圣克里斯托瓦爾·德·拉斯卡薩斯城（Sancti Christophori de las Casas）”，簡稱“卡薩斯城”。
嘉靖三十九年（1560年），西班牙傳教士在圣克里斯托瓦爾·德·拉斯卡薩斯城西50公里的土著人的托奇特蘭城（Tochtlan）附近建造了圣馬科斯·埃萬赫利斯塔·圖奇特拉城（San Marcos Evangelista Tuchtla），簡稱“圖奇特拉城”（注：墨西哥獨立后，為紀念曾任該州州長的霍阿金·米格爾·古鐵雷斯（Joaquin Miguel Gutierrez）將軍，于1848年改名為“圖斯特拉·古鐵雷斯城（Tuxtla Gutierrez）”，今為恰帕斯州首府）。
隆慶元年（1567年），西班牙傳教士佩德羅·洛倫索·德·拉納達（Pedro Lorenzo de la Nada）在圣克里斯托瓦爾·德·拉斯卡薩斯城東北約110公里的地方建造了帕倫克城（Palenque），意為“圍欄”。
西班牙人占領恰帕斯地區后，由于居住在特萬特佩克高原的瑪雅人曾激烈抵抗過西班牙人，因此西班牙人在恰帕斯地區建立了多個集中居住點，將散居的瑪雅人驅趕到集中居住點后，對他們實行種族隔離。集中定居點有奧科辛戈（Ocosingo）、辛塔拉帕（Cintalapa）、特奧皮斯卡（Teopisca）、阿卡拉（Acala）、科派納拉（Copainala）、錫塔拉（Sitala）、托納拉（Tonala）、皮希希亞潘（Pijijiapan）、韋韋坦（Huehuetan）、塔帕丘拉（Tapachula）等。后來在圣克里斯托瓦爾·德·拉斯卡薩斯城北偏西45公里的錫莫霍韋爾（Simojovel）發現了寶石礦（主要是藍蛋白石），于是建造了錫莫霍韋爾鎮。
蘇祿國、馬京達瑙國聯軍拿下圖奇特拉城后，來到了卡薩斯城。駐卡薩斯城的西班牙人拒絕投降，聯軍士兵使用了“燃燒彈”，將城市化為灰燼，殺死了所有西班牙人。聯軍在清理周邊的教堂、莊園時，有很多瑪雅人加入了“解放大隊”，占領了幾十個教堂、莊園，解放了大批奴隸。特萬特佩克高原很快獲得了解放。隨后，蘇祿國、馬京達瑙國聯軍士兵攻向了帕倫克城。在占領了帕倫克城后，在向導的帶路下，一邊繼續清除教堂、狀元，一邊攻向東偏南約13公里的埃爾納蘭霍鎮（El Naranjo）。
天啟四年（1624年），西班牙人派遠征隊深入叢林，進攻伊察人時遭到了慘敗。由于西班牙人對伊察人的幾十年的征戰都無功而返，西班牙人就決定繼續圍困伊察人，在叢林的西部邊緣建造了埃爾納蘭霍鎮（El Naranjo）。在西班牙語中，“Naranjo”是“粗魯無知”的意思，暗指佩滕低地的伊察人都是野蠻的、難以征服的。
西班牙人除了在佩滕低地的西部建造了埃爾納蘭霍鎮外，也沿著佩滕低地的西緣建造了很多哨所，如埃爾普爾貝維爾（El Porvebir）、阿瓜·阿蘇爾（Agua Azul）、埃斯佩蘭薩（Esperanza）、埃爾塞德羅（El Cedro）等。
蘇祿國、馬京達瑙國聯軍占領了埃爾納蘭霍鎮后，繼續南下，摧毀西班牙人在佩滕低地西緣建立的軍事哨所。
德爾納特國、蒲端國、桑吉爾國聯軍清理了恰帕斯地區沿海的西班牙人勢力后，向東進入了危地馬拉地區南部的庫丘馬塔內斯山脈（Cuchumatanes Mountains）、南馬德雷山脈和沿海平原。
嘉靖三年（1524年），佩德羅·德·阿爾瓦拉多（Pedro de Alvarado）率西班牙人來到危地馬拉后，首先與位于南馬德雷山脈的基切城邦國（Kiche）的瑪雅人發生了激烈戰斗。基切城邦國主要有5個城邦組成，分別是韋韋特南戈（Huehuetenango，土著語為“老人的地方”）、克薩爾特南戈（Quetzaltenango，土著語為“格查爾鳥之地”）、莫莫斯特南戈（Momostenango）、托托尼卡潘（Totonicapan）和首府庫馬爾卡赫城（Qumarkaj）。戰斗中，基切城邦國的韋韋特南戈城、克薩爾特南戈城先后失守，基切人退守首府庫馬爾卡赫城。最終，西班牙人摧毀了庫馬爾卡赫城，基切城邦國的首領特昆·烏曼（Tecun Uman）戰死，殘存的基切人被迫投降。
基切城邦國覆滅后，位于基切城邦國東部的瑪雅人卡克奇克爾城邦國（Cakchiquel）竟然主動投靠了西班牙人，西班牙人得以順利進入了卡克奇克爾城邦國的首府伊希姆切城（Iximche）。卡克奇克爾人還帶領著西班牙人進攻東部的皮皮爾城邦國（Pipil），皮皮爾城邦國的首府庫斯卡坦（Cuscatan，即今薩爾瓦多國的首府圣薩爾瓦多）陷落后，佩德羅·德·阿爾瓦拉多率西班牙人返回了危地馬拉，向卡克奇克爾人索取黃金、白銀，雙方關系隨之破裂，只得兵戈相見。伊希姆切城（Iximche）被西班牙人摧毀，卡克奇克爾人退入山區后繼續與西班牙人作戰，堅持6年后，最后被西班牙人徹底征服。
西班牙人征服了基切城邦國后，因發現韋韋特南戈、克薩爾特南戈有土著人開采的砂金礦，就重建了韋韋特南戈城、克薩爾特南戈城。
嘉靖五年（1526年），西班牙殖民者佩德羅·波托卡雷羅（Pedro Portocarrero）在伊希姆切城（Iximche）西北約16公里處建造了奇馬爾特南戈城堡（Chimaltenango，意為“盾墻”）。
嘉靖六年（1527年），西班牙人在伊希姆切城（Iximche）附近建“非常忠實、非常高貴的洛斯卡瓦列洛斯·德·危地馬拉·圣地亞哥城（Muy Leal y Muy Noble Ciudad de Santiago de los Caballeros de Goathemala）”，并作為危地馬拉都督區的首府。嘉靖二十年（1541年），火山噴發及隨后發生的地震摧毀了該城，西班牙人在原地重新建城，城名改為“安提瓜·危地馬拉城（Antigua Guatemala）”。
嘉靖十七年（1538年），西班牙人在“安提瓜·危地馬拉城”北偏東約110公里的庫丘馬塔內斯山脈的北坡建造了“科萬城（Coban，土著語為“烏云密布之地”）”。隨后，西班牙人以科萬城為基地從南部進攻佩滕低地，依然遭到了失敗。嘉靖二十二年（1543年），科萬城被地震摧毀后重建。
嘉靖十八年（1539年），西班牙人在韋韋特南戈城東南約46公里的原基切城邦國首府庫馬爾卡赫的廢墟上建造了圣克魯斯·德爾·基切城（Santa Cruz del Quiche）。
嘉靖二十二年（1543年），西班牙人在安提瓜·危地馬拉城東北約20公里的潘喬亞（Panchoy）山谷又建了一個“安提瓜·危地馬拉城”，并把危地馬拉都督區首府遷移到了新建的“安提瓜·危地馬拉城”。于是原先的“安提瓜·危地馬拉城”被稱為“舊危地馬拉城”。
嘉靖二十六年（1547年），西班牙人在克薩爾特南戈城東約36公里的地方建造了索洛拉城（Solola，土著語為“回到水邊”）。
嘉靖二十九年（1550年），西班牙人在“新安提瓜·危地馬拉城”北偏東約58公里的地方建造了薩拉馬城（Salama，土著語為“監獄”）。其與科萬城一樣，目的是為了從南部包圍佩滕低地。
天啟五年（1625年），西班牙人在克薩爾特南戈城南約38公里的沿海平原建造了雷塔盧萊烏城（Retalhuleu，土著語為“土地的標志”）。
西班牙人為了從南部封鎖佩滕低地的伊察人，也沿著佩滕低地的南緣建造了多個哨所，如奇納哈（Chinaja）、圣迭戈（San Diego）、松波佩羅（Zompopero）、埃爾納蘭霍（El Naranjo）、拉埃斯佩蘭薩（La Esperanza）等（注：由于佩滕低地的北部是熱帶雨林洼地，幾乎常年積水，故西班牙人沒有在佩滕低地北部建哨所）。
西班牙人在佩騰低地周圍建造了眾多軍事哨所后，對佩騰低地四周的瑪雅人部落進行了威逼利誘，如科沃赫部落（Kowoj）、亞拉因部落（Yalain）、莫潘部落（Mopan）、克哈契部落（Kejache）、拉坎東部落（Lakandon）、曼切部落（Manche）等，迫使他們臣服，其中曼切部落（Manche）被西班牙人舉族遷至科萬城、薩馬拉城附近，致曼切部落從此消失。不過，盡管這些部落民表面上改信了天0主0教，但背地里卻依然崇信祖先流傳下來的薩滿教，稍有機會就會逃進佩滕低地，投靠佩滕伊察人。
西班牙人占領危地馬拉后，接管了卡克奇克爾人在伊希姆切城（Iximche）東60公里的砂金礦，就建造了圣拉斐爾拉斯弗洛雷斯鎮（San Rafael las Flores）。不久又在伊希姆切城（Iximche）東約115公里的地方發現了砂金礦，就建造了蒂烏卡爾鎮（Tiucal）。西班牙人認為在南馬德雷山脈的東部還能發現更多的金礦，便把南馬德雷山脈的東部稱為“拉斯米納斯山脈（La Minas）”，可惜找了很多年都沒有找到其它金礦。盡管西班牙人在“拉斯米納斯山脈”沒找到更多的金礦，卻在橫穿危地馬拉的莫塔瓜河（Motogua）河谷發現了土著人開采的玉石礦（主要是翡翠），在河口上游約70公里的地方寶石尤其豐富，就建造了莫拉萊斯鎮（Morales）。
西班牙人還在沿海平原建造了很多莊園，如阿尤特拉（Ayutla）(注：墨西哥獨立后，阿尤特拉成為城鎮。為紀念基切人的首領特昆·烏曼，將阿尤特拉改名為特昆·烏曼城）、帕哈皮塔（Pajapita）、科阿特佩克（Coatepeque）、卡瓦約·布蘭科（Caballo Blanco）、馬薩特南戈（Mazatenango）、蒂基薩特（Tiquisate）、韋拉帕斯（Verapaz）等。
德爾納特國、蒲端國、桑吉爾國三國聯軍占領了西班牙人在庫丘馬塔內斯山脈、南馬德雷山脈和沿海平原的勢力后，開始北上清理西班牙人在佩滕低地南緣建立的哨所。
在佩滕低地的中0央有個佩滕伊察湖，它東西長約26公里，南北寬約10公里，湖泊中有個諾赫佩滕島（Noh Peten）。堅持與西班牙人戰斗的佩滕伊察城邦國的首府就在諾赫佩滕島上，因此佩滕伊察城邦國也稱“諾赫佩滕王國”。
生活在諾赫佩滕島上的佩滕伊察人就有6萬人。自西班牙人對佩滕低地采取封鎖政策后，佩滕伊察人生活的必需品幾乎斷絕了來源。盡管佩滕伊察人在湖四周開墾了大片農田，糧食還能勉強自給自足，但以往靠外界輸入的鹽、布匹成了佩滕伊察人最難獲取的物品。佩滕伊察人只能靠突襲西班牙人在低地四周設立的教堂、哨所來獲取少得可憐的鹽和布匹，但也是杯水車薪，根本解決不了難題。佩滕伊察城邦國的首領坎·利瑪（Kan Rima）為此一直感到忐忑不安，覺得長此下去總不是個辦法。
十幾天前，從低地西部逃來的土著人帶來了好消息，說是不知道來了何方神圣，把那里的西班牙人都干掉了，他們還給佩滕伊察人帶來了鹽、布匹。過了幾天后，從南部也傳來了好消息，說是科萬城、薩馬拉城被一群同樣裝備了火槍、大炮的黑眼睛、黑頭發的人占領了，城里的西班牙人全部被殺。從南部過來的人也給佩滕伊察人帶來了鹽和布匹。坎·利瑪得到這些消息后，盡管不知道外面究竟發生了什么事，但心情好多了。
今天，坎·利瑪剛剛在島上巡視農田，衛隊長皮庫（Picu）走來向他報告，抓住了幾個自稱是大明國的使者。
坎·利瑪就隨皮庫回到了宮殿，果真看到了被衛兵看押著的幾個人。他們都是黑眼睛、黑頭發、黃皮膚，明顯不是西班牙人，其中有幾個身穿藍色制服的人，還有幾個臉上與自己一樣涂著顏料，看上去好像是翻譯。他們看到自己來后，整齊地向他敬了個軍禮。
坎·利瑪見他們如此尊重自己，就問道：“你們是大明國的使者？你們和西班牙王國是什么關系？”
使者首領楊金財通過土著人翻譯告訴坎·利瑪：“尊敬的首領，我們是大明國的使者楊金財。我們大明國在太平洋的西岸，西班牙王國在大西洋的東岸，我們和西班牙王國是敵對關系。我們已經占領了墨西哥城，新西班牙總督路易斯·德·奧尼亞特已宣布投降。現在我們已解放了危地馬拉城，清除了西班牙人在佩滕低地四周設立的所有哨所，即將繼續向東清除西班牙人的勢力。”
自西班牙人來到中美洲后，佩滕伊察人也知道了太平洋、大西洋，對地理也有了初步認識。坎·利瑪聽說新西班牙總督投降后，驚奇地問道：“西班牙人投降了？”
“是的。不愿投降的，我們會逐個殲滅。”
“你們是怎么來到這里的？來這里就是為了打西班牙人的？”
“我們也是坐船來到這里的。我們來這里不僅要徹底消滅西班牙人，還想幫你們獨立建國。”
“幫我們獨立建國？”
“是的。不過不是所有的原住民部落都能建國，只有堅持與西班牙人戰斗的部落、城邦才有資格獨立建國。你們佩滕伊察人與西班牙人堅持了100多年的戰斗，完全有資格獨立建國。我們的首領郭驍勇將軍正在埃爾卡約鎮等著與你會晤，洽談你們建國的事宜。當然，如你不想去埃爾卡約鎮，郭驍勇將軍也可以來這里與你會晤。”
坎·利瑪心想大明國的使者楊金財穿越雨林，艱難地來到了這里，總不能再讓他辛苦地穿越一次雨林吧？就試探地問道：“我可以帶多少人過去？”
“你愿意帶多少人就帶多少人。”
坎·利瑪心里想的是，如楊金財只許自己帶少量人去埃爾卡約鎮，說明大明國的人對自己不放心，甚至有敵意。現在聽了楊金財的話后，他徹底放心了，就說道：“你先在這里休息2天。2天后，我就帶衛隊跟你去埃爾卡約鎮。”
十幾天后，坎·利瑪隨楊金財趕到了埃爾卡約鎮。
經雙方友好洽談，郭驍勇根據南京的命令，將整個尤卡坦半島交給了坎·利瑪，由佩滕伊察人建立尤卡坦王國。聯軍將從西班牙人那里繳獲的部分武器無償提供給尤卡坦王國，并幫王國訓練一支有3000人規模的新式軍隊。坎·利瑪還要求大明國派顧問進駐尤卡坦王國，幫尤卡坦王國建立治理國家的體系。
不久，尤卡坦王國的軍隊離開佩滕伊察湖，進入尤卡坦半島的西部、北部、東部，接管聯軍解放的城鎮。此后，尤卡坦王國成了大明國最忠誠的藩屬國。