入夏以來，長安連降暴雨，渭水水位暴漲，城郊不少低洼處被洪水淹沒。暴雨過后，天氣悶熱潮濕，沒過幾日，善益堂便接診了數位腹痛腹瀉的患者，癥狀皆是上吐下瀉、高熱不退，排泄物呈水樣，腥臭難聞。
張云霄為患者診脈后，發現其脈象濡數，舌苔黃膩，結合近期的天氣與癥狀，判斷是痢疾，且具有極強的傳染性。更令人憂心的是，這些患者多來自城南的貧民窟，那里水源混雜，衛生條件極差，若不及時控制，恐會引發大規模疫情。
“立刻將患者隔離！”張云霄當機立斷，“善益堂后院的隔離病房全部啟用，派專人看管，所有接觸患者的醫護人員必須用煮沸的鹽水洗手，衣物單獨清洗晾曬。另外，讓人立刻前往城南貧民窟，查看是否有更多病例，同時封鎖該區域，禁止人員隨意進出。”
善益堂的伙計們不敢耽擱，立刻行動起來。張云霄則迅速調配藥方，以黃連、黃芩、白頭翁為主藥，配伍秦皮、木香、甘草，制成清熱解毒、澀腸止瀉的湯藥，讓患者按時服用。同時，他還讓人燒制大量生石灰，前往貧民窟噴灑消毒，尤其是水源附近，務必切斷傳播途徑。
然而，疫情的擴散速度遠超預期。僅僅三日，城南貧民窟便出現了上百例病例，甚至有幾位年老體弱者因脫水身亡。消息傳開，長安城內人心惶惶，不少百姓囤積糧食，閉門不出，生怕被感染。
太醫院內，李宗儒的殘余勢力趁機發難。一位名叫王仲禮的御醫聯合幾位保守派，向李世民上奏，稱張云霄推廣的“衛生防疫”不過是嘩眾取寵，如今引發大規模痢疾，正是因為他破壞了古法“順應天時”的醫理，請求陛下罷免張云霄的院判之職，恢復傳統防疫之法。
李世民看著奏折，心中有些猶豫。他信任張云霄的醫術，但此次疫情規模不小，若處置不當，恐危及社稷。于是，他再次召張云霄入宮問話。
“張大夫，如今城南痢疾橫行，百姓恐慌，王仲禮等人上奏，稱是你推廣新術所致，你可有話說？”李世民的語氣帶著幾分凝重。
張云霄從容不迫地回應：“回陛下，痢疾的爆發并非因新術所致，而是暴雨過后，水源被污染，加上貧民窟衛生條件惡劣，導致疫毒傳播。古法防疫多以焚燒艾草、祈禱祭祀為主，無法從根源上切斷傳播途徑，這才讓疫情蔓延。”
他頓了頓，呈上一份詳細的疫情報告：“陛下請看，這是臣統計的病例分布，所有患者皆飲用了城南被污染的井水。臣已派人封鎖污染水源，改用煮沸的河水，并在全城推廣飲用沸水、勤洗手、糞便集中處理的防疫措施，同時研制了解毒湯藥，目前新增病例已明顯減少。”
李世民翻閱著報告，見數據詳實，邏輯清晰，心中的疑慮漸漸消散。這時，程知節也站出來進言：“陛下，張大夫做事向來穩妥，此次疫情爆發突然，他反應迅速，已經控制住了局勢。那些保守派御醫不過是嫉妒張大夫的本事，故意混淆視聽！”
崔仁師也附和道：“陛下，臣已派人前往城南核查，張大夫的防疫措施確實有效，不少患者服用湯藥后已痊愈。如今當務之急是全力支持張大夫，而非追究責任。”
李世民點了點頭，沉聲道：“朕相信張大夫！王仲禮等人妄議朝政，擾亂民心，各降兩級，罰俸三月！張大夫，朕命你全權負責此次痢疾防疫，所需人力物力，朝廷全力支持！”
“臣遵旨！”張云霄拱手道謝，心中卻清楚，這只是暫時的平息，太醫院內的保守勢力仍在暗中窺伺，稍有不慎便會再次發難。
回到善益堂，張云霄立刻召集所有醫護人員與太醫院派來的協助御醫，召開防疫會議。“如今疫情雖有緩解，但仍不能掉以輕心。”他指著地圖上的標記，“城南貧民窟的污染水源已封鎖，但周邊還有幾處水井可能存在隱患，需立刻檢測水質；另外，城內的酒樓、茶館等人流密集場所，必須嚴格執行餐具煮沸消毒，否則一律停業整頓。”
一位名叫蘇瑾的年輕御醫站出來：“張院判，臣愿帶人前往周邊村鎮檢測水質，排查隱患。”蘇瑾是張云霄一手提拔的，天資聰穎，對新醫術充滿熱情，此次疫情中一直沖在前線。
“好！”張云霄點頭，“務必小心，檢測時需用銀器試探，若銀器變黑，便是水源有毒，立刻封鎖，并引導百姓前往指定取水點。”
另一位老御醫卻面露難色：“張院判，銀器試探雖有道理，但古法中并無此說，且城中銀器有限，恐難以普及。”
“此事不難。”張云霄早已思慮周全，“可用草木灰泡水，倒入水中，若產生沉淀，便說明水質不潔，雖不如銀器精準，卻簡單易行，百姓皆可操作。”
眾人聞言，紛紛點頭稱是。張云霄又吩咐道：“解藥湯藥需批量熬制，善益堂與太醫院分工合作，免費分發給百姓；另外，組織人手編寫簡易防疫口訣，張貼在全城各處，讓百姓牢記‘喝沸水、勤洗手、避臟食’。”
部署完畢，眾人各司其職，長安城內的防疫工作有條不紊地展開。蘇瑾帶領團隊日夜奔波，排查了周邊二十余處水源，封鎖了三處疑似污染的水井，及時避免了疫情擴散；善益堂的伙計們熬制湯藥至深夜，每日分發數千碗，不少患者服用后迅速痊愈。
然而，就在疫情逐漸得到控制之時，卻發生了意外。城西的一家藥鋪突然爆出，有患者服用了善益堂分發的湯藥后，病情加重，昏迷不醒。消息一出，立刻引發軒然大波，王仲禮等人趁機煽風點火，稱張云霄的湯藥有毒，再次向李世民施壓。